从一个灵气枯竭的末法时代，来到了武道昌盛的世界，诡异死亡的灵种，危机四伏的局面，让处于深渊的王昊何去何从？
八百年前，明帝之子张若尘，被未婚妻池瑶公主杀死，一代天骄就此陨落。 八百年后，张若尘重新活了过来，却发现曾经杀死他的未婚妻， 已经统一昆仑界，开辟第一中央帝国，号称“池瑶女皇”。 张若尘望着池瑶女皇的神像，心中燃烧起熊熊的仇恨烈焰。 “待我重修十三年，敢叫女皇下黄泉”。
大乾王朝和太阳神宫大战在即。为了救出被太阳神宫当做女娲魂之碎片带走的小柔，古海决定韬光养晦，积攒人力和财力。此时恰逢大乾王朝神机营统帅李浩然巡查各地，古海得罪李浩然，被贬为斥候，前往恶人谷调查案件。查案途中却得知一个天大的秘密：太阳神宫利用谷内恶人在制作新式武器……
九幽世界，弃剑山庄三公子沈振衣得上古武学《万藏剑经》，引得江湖武林觊觎。魔宗领袖蓑衣人为夺剑经与其决战，三公子却从此销声匿迹。 一年后，弃剑山庄重开山门，沈振衣竟要收徒亲授《万藏剑经》！江湖群豪为之震动！ 烈阳府女弟子楚火萝，机缘巧合下成为沈振衣徒弟。随着师徒两人连破迷局，危机也在悄然逼近，最终的阴谋浮出水面之时，一切的缘由，都指向了一个名为“斩月飞仙”的古老传说。
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。