水母、鳄鱼胚胎、星云、犹他州的峡谷和木卫三；第一缕生命的信号、细菌、细胞起源、初恋感觉、意识诞生、人类进化、生与死——本片将带你走过漫长时间之旅，从宇宙的诞生到最终灭亡。
故事将从沉睡在福萨马格纳的古代化石集合在一起，变成巨大的怪兽并前往东京的背景下展开。人类将其视为自然灾害，只有妖怪们注意到了真相，开始担心未来。这样下去世界就会灭亡。能够封锁这一现象的是继承了传说中妖怪猎人血统的琦玉县所泽市小学生渡边兄，被视为拯救世界的勇者的少年和卷入其中的妖怪们展开了大冒险。