出身香港社会最底层的丁小嘉（佘诗曼 饰）在考上警察后，又以卧底的身份重回鱼龙混杂的砵兰街，替CID督查康道行（欧瑞伟 饰）搜集情报。谁知在追查三合会头目游达富的犯罪事实过程中，道行意外遇害身亡。他在临死前为防止手下卧底人员身份暴露，而删除了包括小嘉在内等五名卧底的纪录。在此之后，道行的同袍刑事情报科总督察卓凯（苗侨伟 饰）联系到小嘉，希望其能协助找到其他四名卧底，并掌握外围赌博集团的犯罪证据。
出身香港社会最底层的丁小嘉（佘诗曼 饰）在考上警察后，又以卧底的身份重回鱼龙混杂的砵兰街，替CID督查康道行（欧瑞伟 饰）搜集情
童年兄弟意外失散，30年后因一桩罪案相见，两人已身处不同阵营。随着对罪案调查的深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面。
连串黑帮老大遭绑架、勒索以及撕票，警方对此案调查毫无头绪。警队B组队长张博文（任达华 饰）曾为警队立下汗马功勋，但从其妻子遭黑帮
高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们
刑事情报高级督察卓凯（苗侨伟 饰）现身泰国曼谷，在当地获得重要情报：九指强与泰国倪坤进行毒品交易。追查之后发现吉运帮黑吃黑将倪坤
毒枭康素差（刘青云 饰）一直带着手下张建行（郭富城 饰）从事毒品交易，新加入的成员欧志远（古天乐 饰）也因一次意外与两人有了过命
相传警方派驻了上千卧底深入黑帮，就等时机成熟把社团一网打尽。此时警方雄图大志，将潜伏已久终于爆发的行动命名为“百年孤寂”。洪兴社
缉毒总督察李振邦（张家辉 饰）和卧底警员江铭（陈伟霆 饰）秘密执行追捕毒贩计划，无奈遭遇险境，江铭被迫游走黑白边缘，逐渐失控。为